13059_2021_2325_MOESM12_ESM.xlsx (2.96 MB)
Download fileAdditional file 12 of Subtype-associated epigenomic landscape and 3D genome structure in bladder cancer
dataset
posted on 2021-04-16, 03:30 authored by Tejaswi Iyyanki, Baozhen Zhang, Qixuan Wang, Ye Hou, Qiushi Jin, Jie Xu, Hongbo Yang, Tingting Liu, Xiaotao Wang, Fan Song, Yu Luan, Hironobu Yamashita, Ruby Chien, Huijue Lyu, Lijun Zhang, Lu Wang, Joshua Warrick, Jay D. Raman, Joshua J. Meeks, David J. DeGraff, Feng YueAdditional file 12: Table S11. FOXA1 and GATA3 ChIP-Seq peaks called in RT4 cells.
Funding
National Institute of General Medical Sciences National Human Genome Research Institute National Cancer Institute National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases American Cancer Society
History
References
- 10.3322/caac.21590
- 10.3322/caac.21590
- 10.1002/ijc.31937
- 10.1007/s00345-009-0395-z
- 10.1007/s00345-009-0395-z
- 10.1016/j.ccr.2014.01.009
- 10.1016/j.ccr.2014.01.009
- 10.1016/j.eururo.2017.03.030
- 10.1016/j.eururo.2017.03.030
- 10.1038/nrurol.2014.129
- 10.1038/nrurol.2014.129
- 10.1038/nature12965
- 10.1038/srep38531
- 10.1038/srep38531
- 10.1016/j.ajpath.2010.11.061
- 10.1016/j.ajpath.2010.11.061
- 10.1371/journal.pone.0030206
- 10.1371/journal.pone.0030206
- 10.1074/jbc.M112.408104
- 10.1074/jbc.M112.408104
- 10.1038/s41388-018-0646-9
- 10.1038/s41388-018-0646-9
- 10.1038/nrurol.2012.142
- 10.1038/nrurol.2012.142
- 10.1073/pnas.0906549106
- 10.1073/pnas.0906549106
- 10.1038/s41389-019-0178-3
- 10.1038/s41389-019-0178-3
- 10.1038/s41388-019-1063-4
- 10.1038/s41388-019-1063-4
- 10.1038/s41467-019-12332-0
- 10.1038/s41467-019-12332-0
- 10.1371/journal.pone.0036669
- 10.1371/journal.pone.0036669
- 10.4161/cbt.27631
- 10.4161/cbt.27631
- 10.1101/gr.139469.112
- 10.1101/gr.139469.112
- 10.1038/msb.2011.59
- 10.1038/msb.2011.59
- 10.1016/j.celrep.2019.02.036
- 10.1126/sciadv.1501473
- 10.1126/sciadv.1501473
- 10.1186/s12864-015-1450-3
- 10.1186/s12864-015-1450-3
- 10.1016/j.eururo.2019.09.006
- 10.1016/j.eururo.2019.09.006
- 10.1038/nature09692
- 10.1038/nature09692
- 10.1038/nature06008
- 10.1038/nature06008
- 10.1038/nature11247
- 10.1126/science.aav1898
- 10.1126/science.aav1898
- 10.1038/cdd.2017.10
- 10.1038/cdd.2017.10
- 10.1016/j.ajpath.2018.07.010
- 10.1016/j.ajpath.2018.07.010
- 10.1016/j.devcel.2013.07.017
- 10.1016/j.devcel.2013.07.017
- 10.1038/nature06727
- 10.1038/nature06727
- 10.1016/j.cell.2014.11.021
- 10.1016/j.cell.2014.11.021
- 10.1038/s41467-019-12079-8
- 10.1038/s41467-019-12079-8
- 10.1038/nature19800
- 10.1038/nature19800
- 10.1186/s13059-020-01986-5
- 10.1186/s13059-020-01986-5
- 10.1038/s41588-018-0195-8
- 10.1038/s41588-018-0195-8
- 10.1038/s41586-020-2023-4
- 10.1038/s41586-020-2023-4
- 10.1158/1055-9965.EPI-11-0650
- 10.1158/1055-9965.EPI-11-0650
- 10.1007/BF03262330
- 10.1007/BF03262330
- 10.1007/s40273-014-0194-2
- 10.1007/s40273-014-0194-2
- 10.1016/S1470-2045(17)30616-2
- 10.1016/S1470-2045(17)30616-2
- 10.1016/S0140-6736(16)32455-2
- 10.1016/S0140-6736(16)32455-2
- 10.1056/NEJMoa1817323
- 10.1056/NEJMoa1817323
- 10.6004/jnccn.2019.5017
- 10.6004/jnccn.2019.5017
- 10.1073/pnas.1016071107
- 10.1073/pnas.1016071107
- 10.1038/s41467-018-03279-9
- 10.1038/s41467-018-03279-9
- 10.1016/j.cell.2017.09.007
- 10.1002/bies.201300090
- 10.1002/bies.201300090
- 10.1038/nature07829
- 10.1038/nature07829
- 10.1038/nrg3663
- 10.1038/nrg3663
- 10.1101/gr.121541.111
- 10.1101/gr.121541.111
- 10.1016/j.cell.2008.01.018
- 10.1016/j.cell.2008.01.018
- 10.1038/nmeth.2688
- 10.1038/nmeth.2688
Usage metrics
Read the peer-reviewed publication
Categories
Keywords
basal bladder cancersbladder cancer Abstract Muscle-inva...FOXAtranscription factor binding profilesSTATNeuronal PAS Domain Protein 2bladder cancer subtypeluminal bladder cancersGATASubtype-associated epigenomic landscapetranscription factor bindingPPARGTFAP 2 family members3 D genome structures3 D chromatin architecture3 D genome structurebladder cancer cell linescircadian transcription factor NPAS 2influences cancer cell proliferationluminal subtype-specific gene regul...basal subtype-specific genesbladder cancerTPgenome-wide chromatin interactions